L'Académie tchèque des sciences en est membre depuis 1922.
L'Académie des sciences de la République tchèque est l'une des organisations qui ont succédé à l'Académie des sciences tchécoslovaque, qui représentait la Tchécoslovaquie au sein de l'ISC à partir de 1952. Avant cela, la Tchécoslovaquie était représentée par le Conseil national de la recherche tchécoslovaque. L'Académie des sciences fonctionne comme une association de 54 instituts de recherche dans les domaines des sciences naturelles et techniques, des sciences sociales et humaines. Il est responsable du fonctionnement de 36 comités nationaux et représente la République tchèque au sein de l'ISC, de ses comités et unions scientifiques. Les comités nationaux sont composés de représentants des universités et des instituts de recherche de la République tchèque. Elle a changé son nom en janvier 2015 pour devenir l'Académie tchèque des sciences.