22 juillet
? 12h00 – 13h00 UTC
Animateur : Matthieu Bashton
Désignation: Vice-chanceliers principaux Fellow
Affiliation : The Hub for Biotechnology in the Built Environment, Department of Applied Sciences, Faculty of Health and Life Sciences, Northumbria University, Newcastle upon Tyne, Royaume-Uni
Le Dr Matthew Bashton est le bioinformaticien principal de l'équipe COVID-19 Genomics UK Consortium (COG-UK) à l'Université de Northumbria. Son exposé décrira la configuration logicielle et l'environnement utilisés à Northumbria pour fournir leur solution génomique COVID-19, leur variante et leur classification de la lignée, y compris les pipelines développés ainsi que d'autres outils utilisés au sein du COG-UK. L'équipe de Northumbria a séquencé avec succès plus de 16,000 19 génomes COVID-XNUMX contribuant à la fois à la surveillance génomique à l'échelle nationale et en participant à des enquêtes locales sur les épidémies où la génomique a aidé à suivre la propagation du virus parmi les personnes et à éclairer les efforts de contrôle des infections. Matthew parlera du défi de créer et de maintenir un environnement logiciel de production, au fur et à mesure que vous l'utilisez, dans un paysage en développement rapide et en constante évolution.
Le Dr Matthew Bashton est un biologiste computationnel, avec une vaste expérience en bio-, chimio- et informatique clinique, avec une expertise spécifique dans les domaines des domaines protéiques, la structure et la fonction des protéines, les interactions ligand-protéine, l'analyse de séquences à haut débit, l'analyse du génome et les biomarqueurs Découverte.
Matthew a obtenu un diplôme de premier cycle en biochimie à l'Université de Newcastle; son doctorat était dans le domaine de la génomique structurale au MRC Laboratory of Molecular Biology à Cambridge dans le groupe du Dr Cyrus Cothia FRS. Son doctorat s'est concentré sur la façon dont différentes familles de domaines protéiques se réunissent géométriquement et grammaticalement pour réaliser des fonctions à un niveau protéique entier.
Matthew a travaillé comme chercheur Fellow Français au sein du groupe de la professeure Dame Janet Thornton FRS à l'Institut européen de bioinformatique (EBI) ; il y a fait partie du consortium du Midwest Centre for Structural Genomics (MCSG), financé par le Département de l'Énergie des États-Unis. À l'EBI, Matthew a développé la base de données PROCOGNATE, qui relie les familles de domaines protéiques à la gamme de ligands apparentés qu'elles lient. Il a également travaillé sur le détecteur de sous-graphes moléculaires (SMSD), qui permet une similarité chimique et une correspondance de fragments basées sur des graphes 2D rapides et précis. Après son passage à l'EBI, Matthew a rejoint l'unité de soutien bioinformatique de l'université de Newcastle, où il a acquis une vaste expérience en travaillant avec des données de séquençage à haut débit (HTS) sur divers projets omiques avec de nombreux chercheurs principaux de la faculté de médecine. Il s'est ensuite tourné vers la recherche en génomique du cancer en travaillant au Northern Institute for Cancer Research (NICR) à Newcastle, où il a développé une variété de pipelines d'analyse HPC pour l'analyse du génome somatique et de l'exome, ainsi que des projets de classification des risques et des sous-groupes basés sur des biomarqueurs sur les tumeurs cérébrales pédiatriques et la leucémie.
Matthew travaille maintenant au sein du Centre multidisciplinaire de biotechnologie dans l'environnement bâti (HBBE), en collaboration avec une gamme de concepteurs, d'architectes, d'ingénieurs et de biologistes synthétiques et moléculaires pour améliorer la construction de bâtiments, la durabilité et la santé environnementale de l'environnement bâti en utilisant la biologie.
En 2020-2021, Matthew est devenu membre de l'effort de génomique COVID-19 du Royaume-Uni, travaillant aux côtés d'une équipe de l'Université de Northumbria pour séquencer 16,000 19 génomes COVID-7 de XNUMX fiducies hospitalières différentes du Nord-Est et de Cumbria.
